COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 14.479232
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 14.329803
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 14.232295
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 14.173979
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 14.125819
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 14.029196
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.931274

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 4.696280 6.522612 10.513973
2021-02-21 17:00:00 5.152105 11.993324 10.722283
2021-02-20 17:00:00 10.325507 13.006937 10.897605
2021-02-19 17:00:00 20.000000 11.778732 10.962985
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 11.142014
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 11.116362
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 11.002356

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.844619 11.365801
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 11.709064
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 12.015252
2021-02-19 17:00:00 13.478692 13.815789 12.433010
2021-02-18 17:00:00 13.619632 13.619632 12.962334
2021-02-17 17:00:00 11.409396 11.409396 13.520267
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 14.054726

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.983773 8.261004
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 8.203548
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.281241
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 8.093845
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 8.019499
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 8.012594
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 7.959135

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 17.385016 22.765404 13.580939
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 13.347002
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 13.267175
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 13.243310
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 13.216777
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 13.149764
2021-02-16 17:00:00 17.466913 13.050353 13.213869

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 51.291308 33.041145 28.172107
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 27.810724
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 27.556273
2021-02-19 17:00:00 36.260454 36.260454 27.367037
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 27.029320
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 26.697046
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 26.450497

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 17.726161 17.726161 12.804286
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 12.613723
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 12.577682
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 12.549931
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 12.677815
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.650813
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 12.627368

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 10.667000 5.310450 5.676914
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.621418
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.612020
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.612468
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.646167
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.647175
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.590631

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 10.104012 10.104012 11.361765
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 11.227209
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 11.167280
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 11.149890
2021-02-18 17:00:00 10.943644 10.943644 11.155965
2021-02-17 17:00:00 10.058594 11.990687 11.252284
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.262949

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 23.750749
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 23.516666
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.384426
2021-02-19 17:00:00 23.476013 37.110115 23.190459
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 22.912990
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 22.657611
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 22.481812

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 22.328244 14.508321 12.370061
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 12.294394
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 12.043131
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 12.021207
2021-02-18 17:00:00 10.652783 10.652783 12.063726
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 12.003818
2021-02-16 17:00:00 9.248748 9.248748 11.820972

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 10.188963
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 10.051545
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 9.912294
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 9.877037
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 9.859984
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 9.722880
2021-02-16 17:00:00 2.405498 9.670330 9.574387

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 62.033898 157.118644 80.364217
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 78.470895
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 78.799341
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 78.809680
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 79.447178
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 81.251656
2021-02-16 17:00:00 155.371901 89.523810 82.964281

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 28.037383 120.327103 85.670143
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 84.730916
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 83.451506
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 83.106659
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 81.821342
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 81.687796
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 80.442614

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 19.126010 19.126010 13.078211
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 12.971372
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 12.874459
2021-02-19 17:00:00 17.231378 10.085695 12.933381
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 12.804072
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 12.659753
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 12.498758

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 13.557312 31.660079 24.218375
2021-02-21 17:00:00 45.038622 45.038622 23.482324
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 23.253933
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 23.079345
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 23.439597
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 23.430669
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 23.114347

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 8.555556 8.555556 4.551419
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 4.564505
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 4.483241
2021-02-19 17:00:00 2.328042 4.074074 4.433505
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.402623
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.491682
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.454099

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 8.922136
2021-02-21 17:00:00 8.808401 8.808401 8.890841
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 8.956930
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.092698 8.933445
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.126576
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.326106
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 9.596431

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 14.317146 8.617917 8.241250
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 8.184858
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 8.121330
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 8.060549
2021-02-18 17:00:00 8.396276 8.396276 7.977241
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 7.891410
2021-02-16 17:00:00 5.905826 5.905826 7.785877

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 70.802920 9.519136 26.973546
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 27.147726
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 27.264613
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 27.765179
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 27.622769
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 27.516543
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 27.437787

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 43.750000 12.903226 7.884708
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 7.711643
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 7.780182
2021-02-19 17:00:00 4.597701 8.163265 7.880546
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 8.000778
2021-02-17 17:00:00 14.736842 14.736842 8.032091
2021-02-16 17:00:00 3.225806 3.225806 8.347177

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-22 17:00:00 30.829800 30.829800 23.153792
2021-02-21 17:00:00 14.265845 27.636644 22.988085
2021-02-20 17:00:00 36.837430 19.173823 23.033120
2021-02-19 17:00:00 inf 24.829932 23.212963
2021-02-18 17:00:00 30.647059 19.794118 23.240264
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 23.448474
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 23.661382

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.696280 6.522612 10.513973
Basilicata 18.222222 5.844619 11.365801
Calabria 12.102564 5.983773 8.261004
Campania 17.385016 22.765404 13.580939
Emilia-Romagna 51.291308 33.041145 28.172107
Friuli Venezia Giulia 17.726161 17.726161 12.804286
Lazio 10.667000 5.310450 5.676914
Liguria 10.104012 10.104012 11.361765
Lombardia 22.343773 22.343773 23.750749
Marche 22.328244 14.508321 12.370061
Molise 12.241888 12.241888 10.188963
P.A. Bolzano 62.033898 157.118644 80.364217
P.A. Trento 28.037383 120.327103 85.670143
Piemonte 19.126010 19.126010 13.078211
Puglia 13.557312 31.660079 24.218375
Sardegna 8.555556 8.555556 4.551419
Sicilia 9.325487 9.325487 8.922136
Toscana 14.317146 8.617917 8.241250
Umbria 70.802920 9.519136 26.973546
Valle d'Aosta 43.750000 12.903226 7.884708
Veneto 30.829800 30.829800 23.153792

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Mon Feb 22 17:32:14 2021 revision 203, e744656